虽然赫赛汀的入脑能力比较差，难以透过血脑屏障，但有研究显示乳腺癌脑转移后继续使用赫赛汀可使患者生存期延长，还有研究显示大剂量赫赛汀对HER2阳性乳腺癌脑转移有效。另有研究显示赫赛汀对于脑转移与颅外转移的疗效相当。赫赛汀联合帕妥珠单抗的双靶向治疗对乳腺癌脑转移也显示出一定的疗效。
HER2可增强EGFR信号转导，同时抑制HER2和EGFR对于脑转移的疗效优于单独抑制HER2。拉帕替尼作为一种抗HER2和EGFR的小分子酪氨酸激酶抑制剂，与卡培他滨联用对乳腺癌脑转移的有效率可达66%。新型HER2小分子酪氨酸激酶抑制剂包括来那替尼、妥卡替尼和国内的吡咯替尼。临床前数据显示，相比拉帕替尼，来那替尼可穿透完整的血脑屏障，可能对脑转移具有更好的疗效。
然而目前的证据表明来那替尼对于脑转移的疗效有限，与拉帕替尼相似。来那替尼对于脑转移的预防作用可能大于治疗作用。一项随机对照临床研究入组未经过治疗的转移性HER2阳性乳腺癌患者，来那替尼＋紫杉醇组的有症状脑转移的发生率（8.3%）低于曲妥珠单抗＋紫杉醇组（17%），两组患者2年中枢神经系统复发率分别为16.3%和31.2%。
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