正常人群中约有5%-10%的人接种乙肝疫苗后不产生乙肝抗体，个别人甚至连续几疗程接种仍无抗体产生，这主要有以下几种情况：乙肝疫苗效价过低：现在的乙肝疫苗就是通过基因工程制造的纯度很高的重组乙肝表面抗原（HBsAg），是一种蛋白质，同其他蛋白质类药物一样，必须保存在2—8℃范围内才最稳定。如果在存储、运输和使用过程中所处温度过低或过高，使疫苗冻结或凝结，其免疫效果就可能降低或丧失。所以乙肝疫苗最好在医院或防疫站直接接种，不要取出带回家或在另外地方注射。
个别儿童免疫功能发育尚不健全：机体整体免疫功能有一个逐步完善的过程，少数人在儿童期注射乙肝疫苗可能不产生抗体，或产生的抗体过少，无保护作用。也有部分人可能在儿童期感染少量乙肝病毒，后来病毒虽被机体非特异免疫清除，但身体已对乙肝病毒产生免疫耐受，接种疫苗无法产生抗体。
还有一种情况是，目前已经感染乙肝病毒，正处于窗口期或者已经成为慢性隐匿性乙肝病毒携带者。处于窗口期的人群在以后的半年至2年期间乙肝抗体会出现；而隐匿性乙肝携带者则可能逐渐出现表面抗原阳性而成为慢性乙肝。
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